Make deployment truth and remaining graduation gates explicit

Document the runnable Docker workflow, expected one-shot container exits, server-controlled Bailian namespace switch, current earned progress, and the security and evaluation work that still blocks private-data or graduation release claims.

Constraint: Current local Bailian credentials are rejected by the configured workspace

Rejected: Mark the project complete from synthetic metrics | would overstate provider, OCR, authorization, and blind-evaluation readiness

Confidence: high

Scope-risk: narrow

Directive: Keep progress evidence task-based and distinguish synthetic engineering validation from real geological efficacy

Tested: make verify-design; Markdown links; secret scan; diff checks

Not-tested: Final thesis review and live provider authorization

docs/README.md

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 ## 当前进度
 
 - Stage 0“仓库、安全和设计基线”已完成并推送。
-- Stage 1“模型与数据库 PoC”正在进行。
-- 当前整体里程碑仍约 12%，合理区间为 10%–15%；新增代码不在阶段验收前提前计入完成度。
+- Stage 1“模型与数据库 PoC”的离线部分已完成，真实百炼验收仍受三能力 401 阻断。
+- 按任务级挣值而非“整阶段全有或全无”重新估算，当前完整毕业交付约 50%（合理区间 45%–55%）；核心 synthetic 产品工程链约 70%。详细口径见 [项目全生命周期 TODO](04-project-todo.md)。
 - 00–03 的设计基线已完成；后端离线链路、20 条 synthetic 数据、React 离线演示和 Nginx 单入口已验收。
 - 五层网络与独立 `model-gateway` 已实现：只有该服务持百炼 Key/egress，API、seed、smoke 使用区分 API/Worker 身份的内部 token。
-- FastAPI 应用工厂、稳定 Problem/trace 契约，以及 `0002_model_profiles` 的 profile/cache/assignment/invocation/citation 迁移代码已落地。
+- FastAPI 应用工厂、稳定 Problem/trace 契约，以及 profile/cache/assignment/invocation/citation、文档入库和审核迁移已落地。
 - 真实 `text-embedding-v4`、`qwen3-rerank`、`deepseek-v4-flash` 当前仍全部返回 401，真实百炼能力尚未验收。
-- Stage 2 仍为 `TODO`：Worker 租约/fencing/reaper、上传入库、正式检索、grounded chat、评测和完整产品 UI 尚未完成。
+- 文档上传、本地解析、manifest 审核、异步向量化、原子激活和正式检索已经在 Docker 中连续两次端到端通过；相同身份及 version/chunk/assignment/jobs/invocations 计数均为 `1/1/1/2/1`。
+- 质量门禁当前记录为 296 项后端测试、53 项前端测试。React 已提供文档、正式检索和 Grounded Chat 页面。
+- PDF/OCR、真实认证和多租户、正式 300 题双审盲测、备份恢复/压测、论文与答辩仍未完成，所以全项目仍不能标记 `DONE`。
 - 后续状态、依赖、验收证据、工期和提交节点以 [项目全生命周期 TODO](04-project-todo.md) 为准。
 
 ## 文档列表
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 | [01-data-and-evaluation.md](01-data-and-evaluation.md) | 语料治理、解析、验证集生成、向量入库测试和论文评测 | 设计基线完成 |
 | [02-deployment-and-security.md](02-deployment-and-security.md) | Docker Compose、配置、密钥、监控、备份和安全 | 设计基线完成 |
 | [03-implementation-plan.md](03-implementation-plan.md) | 阶段计划、完成定义、测试与验收清单 | 设计基线完成 |
-| [04-project-todo.md](04-project-todo.md) | 从当前状态到最终答辩、发布和归档的任务看板 | Stage 1 进行中 |
+| [04-project-todo.md](04-project-todo.md) | 从当前状态到最终答辩、发布和归档的任务看板 | 持续更新 |
 | [05-stage1-runbook.md](05-stage1-runbook.md) | Secret 初始化、离线数据库/seed、真实三模型 smoke 和排障命令 | Stage 1 运行手册 |
 | [06-frontend-demo-runbook.md](06-frontend-demo-runbook.md) | React/Nginx 离线检索演示、同源 API、开发与验收命令 | 离线前端运行手册 |
+| [07-retrieval-worker-evaluation-runbook.md](07-retrieval-worker-evaluation-runbook.md) | 正式 Retrieval API、Worker fencing 和冻结评测工件 | 可运行切片手册 |
+| [08-grounded-chat-runbook.md](08-grounded-chat-runbook.md) | Grounded Chat SSE、引用校验、拒答、降级和真实模型边界 | 可运行切片手册 |
+| [09-document-ingestion-indexing-runbook.md](09-document-ingestion-indexing-runbook.md) | 文档上传、本地解析、人工审核、向量化、激活和检索 Docker E2E | 核心 synthetic 产品链手册 |
 | [adr/](adr/) | 不易逆转的架构决策记录 | 持续维护 |
 
 文档中的工作空间地址统一使用 `<workspace-id>` 占位符；真实地址和凭证均属于部署配置，不写入仓库。
 
-建议首次阅读按 00 → 01 → 02 → 03 → 04 的顺序；日常执行查看 04，数据库/模型 PoC 查看 05，React 演示查看 06。
+建议首次阅读按 00 → 01 → 02 → 03 → 04 的顺序；日常执行查看 04，数据库/模型 PoC 查看 05，文档产品链验证直接查看 09。